Stejně jako v prvním kole zvítězil v prezidentských volbách na Chomutovsku Miloš Zeman. A to na rozdíl od celorepublikových výsledků poměrně jednoznačně. Získal zhruba 65 procent hlasů, jeho protikandidát Karel Schwarzenberg jen 35 procent. Voliči na Chomutovsku tak potvrdili své preference z kola prvního, ve kterém Zeman vyhrál Zeman, zatímco Schwarzenberg byl až čtvrtý.

Zeman vyhrál v jednačtyřiceti obcích z Chomutovska, Schwarzenberg pouze ve třech. 

Miloš Zeman (v závorce procentuální výsledek vítěze): Bílence (70%), Blatno (59%), Boleboř (52%), Březno (74%), Černovice (67%), Domašín (57%), Droužkovice (63%), Hora Svatého Šebestiána (66%), Hrušovany (78%), Chbany (79%), Chomutov (64%), Jirkov (67%), Kadaň (62%), Kalek (56%), Klášterec nad Ohří (67%), Kovářská (61%), Kryštofovy Hamry (63%), Křimov (74%), Libědice (78%), Málkov (71%), Mašťov (78%), Místo (72%), Nezabylice (71%), Okounov (70%), Otvice (61%), Perštejn (57%), Pesvice (70%), Pětipsy (91%), Račetice (67%), Radonice (82%), Rokle (70%), Spořice (62%), Strupčice (70%), Údlice (67%), Vejprty (66%), Veliká Ves (80%), Vilémov (83%), Vrskmaň (75%), Všestudy (72%), Výsluní (59%), Vysoká Pec (56%).

Karel Schwarzenberg: Loučná pod Klínovcem (74%), Měděnec (60%), Všehrdy (55%),

Volit šlo v okrese 47 procent lidí, zhruba o procento méně než v prvním kole.

Okresní výsledky:

Miloš Zeman: 30 643 hlasů, 64,99% (v 1. kole 12 698 hlasů, 26,18%)

Karel Schwarzenberg: 16 503 hlasů, 35,00% (v 1. kole 7 658 hlasů, 15,79%)